En el segundo tramo de la causa se investigó la represión ilegal contra seis militantes de Montoneros que regresaron a Argentina durante la Contraofensiva, y se condenó a un oficial, Antonio Herminio Simón, y un agente, Alfredo Omar Feito, del Destacamento 123 (Paso de los Libres, Corrientes) y del Batallón 601, por secuestros y desapariciones ocurridos en 1980. Se trata de las mismas 6 víctimas que en el tramo 1 de las cuales cinco continúan desaparecidas.

Los lugares de cautiverio incluyeron el CCD El Campito en Campo de Mayo, tres quintas cercanas y casas de reclusión transitoria en Paso de los Libres y Las Cuevas (Mendoza).

El Batallón de Inteligencia 601, dependiente de la Jefatura II de Inteligencia del Estado Mayor General del Ejército, jugó un papel central en el sistema de represión ilegal, centralizando información obtenida mediante torturas e infiltraciones en organizaciones políticas, sindicales y sociales, para planificar y ejecutar secuestros en todo el país. La operación “Murciélago”, desplegada desde 1978 para capturar a integrantes de la Contraofensiva, también fue objeto del juicio. En esta instancia, dos miembros del Batallón 601 fueron absueltos.