En 1996 se inicia la querella por práctica sistemática de apropiación de menores eludiendo las autoamnistías, las leyes de punto final y obediencia debida, e indultos, encontrando la punta del ovillo del delito continuo de supresión de la identidad de centenares de niños nacidos en el cautiverio de sus madres secuestradas-desaparecidas, cometidos sistemáticamente mediante la utilización criminal de aparatos de poder. La sentencia dictada contra Videla y otros en 1985, condenaba a los ex comandantes por ser autores de un plan criminal compuesto por tres delitos: torturas, privación ilegal de la libertad y absolvió a todos los imputados, respecto a la sustracción de menores, con el argumento de que la fiscalía había considerado sólo 7 casos, de los cuales se habían probado dos, y esto no permitía afirmar que este delito había formado parte del plan criminal dirigido desde la cúspide del poder.

Se evitó el planteo de cosa juzgada investigando otros casos. El Juzgado reivindicó el principio de imprescriptibilidad de los crímenes de lesa humanidad, aun cuando Argentina no había ratificado la Convención que así lo declara. Se encontró también documentación que probaba que la cúspide gobernante emitió documentos destinados a operar sobre la situación de los menores. La declaración testimonial de muchos sobrevivientes y del ex director del Hospital Militar de Campo de Mayo, de servicio de ginecología del Hospital Naval, y decenas de médicos, enfermeras, obstetras puso en evidencia que existió una práctica sistemática de apropiación de niños nacidos en cautiverio o apresados vivos, que la Cámara Federal había declarado inexistente. Se dio por probado que, en distintos CCD, como la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA), Campo de Mayo, El Vesubio, Automotores Orletti, La Cacha, el Pozo de Banfield o la comisaría V de La Plata, funcionaron maternidades clandestinas a las que se llevaba a las parturientas secuestradas para robar sus hijos recién nacidos