Esta causa se inició en 1996 a partir de una querella que investigó la existencia de una práctica sistemática de apropiación de niños y niñas durante la última dictadura. La estrategia judicial permitió avanzar en estos hechos pese a las leyes de Punto Final y Obediencia Debida, así como a los indultos, al considerar la supresión de identidad como un delito continuo.

La investigación retomó aspectos que no habían sido considerados en la sentencia de 1985 contra las Juntas Militares. En ese fallo se había descartado la existencia de un plan sistemático de apropiación de menores, en función de la escasa cantidad de casos analizados. A partir de nuevos elementos, se incorporaron otros hechos que permitieron ampliar el objeto de la causa.

Durante el proceso se reunieron testimonios de sobrevivientes, personal médico y autoridades hospitalarias, junto con documentación que acreditó la intervención de las máximas autoridades del régimen en estos delitos. El tribunal sostuvo además el carácter imprescriptible de los crímenes de lesa humanidad.

Las pruebas permitieron establecer que existió una práctica sistemática de apropiación de niños y niñas nacidos en cautiverio o secuestrados junto a sus familias. Se dio por probado que, en distintos Centros Clandestinos de Detención (CCD), como la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA), Campo de Mayo, El Vesubio, Automotores Orletti, La Cacha, el Pozo de Banfield o la comisaría V de La Plata, funcionaron maternidades clandestinas a las que se llevaba a las mujeres embarazadas secuestradas para robar sus hijos recién nacidos.