La investigación comenzó el 11 de julio de 1975 a partir de la denuncia del Dr. Miguel A. Radrizzani Goñi contra José López Rega, entonces ministro de Bienestar Social y secretario privado de la Presidencia de la Nación, y contra los comisarios Rodolfo Eduardo Almirón y Rodolfo Eduardo Morales, responsables de las custodias de la presidenta y del ministro, respectivamente.

El objeto de la causa fueron los homicidios cometidos por la organización Triple A entre julio y octubre de 1974, incluyendo a Rodolfo David Ortega Peña, Alfredo Alberto Curutchet, Julio Tomás Troxler, Luis Ángel Mendiburu, Silvio Frondizi, Carlos Ernesto Laham y Pedro Leopoldo Barraza. También se investigaron secuestros y desapariciones, como los de Daniel Banfi, Luis Latrónica y Guillermo Jabif, y el asesinato de Raúl Laguzzi. La fiscalía acusó a López Rega como autor mediato o instigador de estos hechos.

José López Rega fue detenido y extraditado en 1986, y juzgado entre 1987 y 1988; falleció en prisión antes de que se dictara sentencia. Décadas más tarde, la investigación se reactivó tras la publicación del paradero de Almirón en 2006. El juez Norberto Oyarbide actualizó las órdenes de captura y estableció que los crímenes de la Triple A debían considerarse de lesa humanidad, y por lo tanto imprescriptibles, criterio confirmado en 2008 por la Cámara Federal.

Finalmente, cuarenta años después, el juicio concluyó con condenas a cuatro años de prisión por asociación ilícita para Jorge Héctor Conti y Carlos Alejandro Villone, acusados de actuar como enlaces entre López Rega y la organización. También fueron condenados Norberto Cozzani, Rubén Arturo Pascuzzi y Julio José Yessi. En esta causa, los casos individuales de las víctimas no fueron tratados judicialmente. López Rega, Morales y Almirón fallecieron sin haber recibido condena.

En 2006 una investigación periodística publicó el paradero de Almirón​ y desde Buenos Aires, el juez Norberto Oyarbide actualizó su orden de captura, por lo que el 23 de diciembre de 2006 fue detenido en Torrente (Valencia). Para esto el juez dictaminó que los crímenes cometidos por la Triple A deben ser considerados como de «lesa humanidad» y por lo tanto imprescriptibles. Lo cual fue confirmado en 2008 por la Cámara Federal.

Cuarenta años después, parte de la investigación concluyó con la condena a cuatro años de prisión por asociación ilícita de Jorge Héctor Conti y Carlos Alejandro Villone, acusados de ser el enlace entre López Rega y los integrantes de la Triple A. También fueron condenados Norberto Cozzani, Rubén Arturo Pascuzzi, y Julio José Yessi. En esta causa no se trataron los casos de víctimas individualizadas. López Rega, Morales y Almirón murieron impunes